Igazi politikai káoszban játszódik a Rise of the Ronin, a történet során összefutunk sógunátus-párti erőkkel (Sabaku), akik a jelenlegi rend fenntartása mellett ágálnak, míg a Tobakuk ki akarják szorítani az idegeneket Japánból. A nyugatiak frakciója a Obei, amit az amerikai haditengerészet parancsnoka, Matthew Perry vezet, és aki mindenáron a kereskedelmi kapcsolatok kiépítését szeretné elérni.Bár az egyes karakterek céljai nyilvánvalóak, motivációik és módszereik eltérőek lehetnek. Természetesen olyan történelmi személyekkel is kapcsolatba léphetünk, mint Perry, Genzui Kusaka, Sakamoto Ryoma és Kogoro Katsura. Ha már kiépült velük egyfajta kötelék, elkísérhetnek bennünket különböző küldetésekre, és lehetőségünk lesz irányítani őket. A nar...